Dinámica espaciotemporal de las epidemias de cólera en Etiopía: 2015-2021

Diseño y sitio del estudio.

En este estudio transversal retrospectivo, describimos la dinámica espaciotemporal de las epidemias de cólera en Etiopía desde septiembre de 2015 hasta diciembre de 2021.

Etiopía está situada en el Cuerno de África. Según las divisiones administrativas de 2021, Etiopía comprende 13 estados regionales, 92 zonas y 1040 Woreddas (equivalentes a distritos) (Fig. 8). Losworedas se dividen a su vez en kebeles. La población estimada de Etiopía en 2021 es de 103.610.998 habitantes³⁴. La ciudad y capital nacional más poblada es Addis Abeba, que alberga a aproximadamente 3.780.000 personas (aproximadamente el 4% de la población del país).³⁴. Etiopía es un país sin salida al mar con un vasto complejo montañoso de montañas y mesetas dividido por el Gran Valle del Rift, que corre de suroeste a noreste y está rodeado de tierras bajas, estepas o desiertos.³⁵.

Mapa del sitio de estudio. El mapa indica las divisiones administrativas actuales en Etiopía, incluidos los 13 estados regionales (codificados por colores) y los wanteddas en cada estado regional (límites en gris). Los cuadrados verdes corresponden a las principales ciudades y las líneas marrones indican carreteras principales.

Definición de caso de cólera

Un caso sospechoso de cólera se outline como un individuo con una de las dos condiciones³⁶:

• Un paciente de 5 años o más que desarrolla deshidratación grave o muere a causa de la AWD, en un área donde no se sabe que la enfermedad esté presente.

• Cualquier paciente que desarrolle AWD, con o sin vómitos, en un área donde hay una epidemia de cólera.

Además, en los niveles de puesto de salud y comunitario, un caso sospechoso de cólera (a menudo denominado definición de caso comunitario) se puede definir de la siguiente manera: cualquier persona de 5 años de edad o más con AWD abundante y/o vómitos.³⁶.

Un caso confirmado de cólera se refiere a un caso sospechoso en el que Vibrio cholerae O1 u O139 se han aislado de las heces mediante cultivo.

Fuentes de datos sobre el cólera

Se dispuso de cuatro fuentes de datos sobre el cólera para el análisis epidemiológico: listas de líneas regionales, bases de datos agregadas regionales (diarias), bases de datos de la OMS (casos totales por Woredda) y plantillas de datos.

Listas de líneas

El Departamento de Respuesta y Vigilancia de Enfermedades y Eventos de Salud del Instituto de Salud Pública de Etiopía (EPHI) proporcionó listas de líneas de casos sospechosos de cólera y muertes para el período de la semana 37 de 2015 a la semana 52 de 2021.

Bases de datos agregadas

Se utilizaron bases de datos agregadas para complementar las lagunas de datos en las listas de líneas. Los datos agregados diarios (por wantedda) se convirtieron en una base de datos semanal para el análisis. Las bases de datos agregadas (región y año) fueron las siguientes: Somali 2017 (semanas 1 a 37), Dire Dawa (2017), SNNP (Región de Naciones, Nacionalidades y Pueblos del Sur) (2017), SNNP (2020), Benishangul Gumz. (2017) y Sidama (2020).

Totales anuales para el análisis de brechas

Para el período 2015-2018, el complete anual de casos de cólera por región se obtuvo de la oficina de la OMS en Etiopía. Para los años 2019 y 2021, las cifras anuales de casos de cólera se obtuvieron del registro epidemiológico semanal de la OMS.^37,37,39. El complete de casos anuales de cólera por región para el período 2019-2021 no estaba disponible.

Plantillas de datos

Las regiones completaron dos tipos de plantillas de datos para complementar las lagunas de datos restantes: (1) complete agregado de casos y muertes por Woreda y (2) fecha de inicio y finalización del brote, casos totales y muertes por Woreda.

Datos de población

Las proyecciones de datos de población etíope por Wordada para el año 2021 se obtuvieron de la plataforma de datos abiertos Humanitarian Information Alternate (Oficina de las Naciones Unidas para la Coordinación de Asuntos Humanitarios, OCHA)³⁴. Las poblaciones de los años anteriores (2015-2020) para cada estado regional se calcularon utilizando tasas decrecientes de crecimiento poblacional proporcionadas por el EPHI de la siguiente manera: Addis Abeba, 2,1%; Lejos, el 2,2%; Amhara, 1,7%; Benishangul Gumz, 3%; Dire Dawa, 2,5%; Gambela, el 4,1%; Harari, 2,6%; Oromía, 2,9%; SNNP y Sidama 2,9%; somalí, 2,6%; y Tigray, el 2,5%.

Datos del sistema de información geográfica (SIG)

Las capas del archivo SIG unique corresponden a las siguientes unidades administrativas: estados regionales (13 estados regionales, incluido Addis Abeba), zonas (92 zonas) y Weardas (1040 Weardas). Además, se recuperaron datos de mapas vectoriales de dominio público (escala 1:10 m) del repositorio de código abierto de Pure Earth y se recortaron a la frontera nacional de Etiopía (lagos, ríos, ciudades principales y redes de carreteras).⁴⁰.

Análisis epidemiológico

Los datos agregados y basados ​​en casos de cólera en formato Microsoft Excel se limpiaron como se describe a continuación y se ensamblaron después de la verificación de la calidad de los datos en una única base de datos utilizando RStudio 2023.03.1.⁴¹ con versión R-4.3.0⁴² para análisis epidemiológicos posteriores. Los archivos GIS se administraron usando QGIS V3.28 Firenze⁴³ y R-4.3.0⁴².

Para verificar los datos espaciales, las ubicaciones de los casos (región, zona y Wearda) se verificaron sistemáticamente (por ejemplo, ortografía consistente) de acuerdo con la ubicación correspondiente en la tabla de atributos del archivo SIG. Durante el período de estudio, se crearon dos nuevas regiones (la región de Sidama en 2020 y la región de los pueblos del suroeste de Etiopía (SWEP) en 2021) dentro de la región SNNP (archivos GIS, versión de diciembre de 2021).⁴⁴). Los casos se asignaron a las nuevas regiones de acuerdo con la localización de kebele informada.

En la región de Tigray, para representar la organización administrativa más reciente, se identificó la wantedda correcta para cada caso (n = 5945) en función de la información de kebele superponiendo el archivo de forma a nivel de kebele.

Además, los datos de unos pocos Woredas en la región de Amhara y la región de Somali se fusionaron porque ya estaban fusionados en las bases de datos agregadas o porque la descripción de localización inicial period ambigua (por ejemplo, para Dembia Oriental y Dembiya Occidental, muchos casos se enumeraron simplemente como “Dembia” o “Dembiya”). Para la región de Amhara, se fusionaron los siguientes Woredas: (1) los Woredas de Dembia Oriental y Dembiya Occidental se fusionaron en “Dembia (WE)”; (2) la ciudad de Aykel, Chilga 1 y Chilga 2 Woredas se fusionaron en “Chilga (T-1-2)”; y (3) East Esite, West Esite y Mekan Eyesuse Woredas se fusionaron en “Esite (WE)”. Para la región de Somali, se fusionaron los siguientes Weardas: Degahabur City y Degehabur se fusionaron en “Degahabur (TZ)” y Kebridehar City y Kebridehar se fusionaron en “Kebridehar (TZ)”. En este estudio, el número complete de unidades de vigilancia de la salud (nivel Woreda) es 1033.

Para verificar las fechas de inicio e ingreso en el centro de salud registradas en las listas de líneas, se verificaron sistemáticamente las fechas etíopes originales (calendario Ge’ez) y las fechas gregorianas derivadas. Se verificaron todos los registros y fechas disponibles (fecha de inicio, fecha de ingreso, fecha de alta y fecha de muestreo, si la hubiera). Luego se calculó la episemana de inicio para cada caso de acuerdo con las fechas del calendario gregoriano utilizando el sistema de fechas de semanas ISO. Si no se disponía de la fecha de inicio, se aplicó la fecha de visita al establecimiento de salud. Las observaciones de casos y muertes (en las listas de líneas y en los datos agregados) se agregaron por semana para el análisis posterior.

Los datos de casos duplicados se eliminaron antes del análisis mediante la identificación de múltiples entradas idénticas basadas en la combinación de la siguiente información basada en casos: sexo, edad, identificador del paciente, vestirda, fecha de inicio, fecha de visita al centro de salud, fecha de admisión y estado. Para las observaciones que carecían de información del identificador del paciente, se identificaron líneas duplicadas en función de la siguiente información basada en el caso: sexo, edad, vestirda, fecha de inicio, fecha de consulta en el centro de salud, fecha de admisión y estado. Se eliminaron las observaciones con combinaciones similares de información basada en casos.

Luego, todas las listas de líneas y bases de datos agregadas se consolidaron en una única base de datos para su posterior análisis. Luego realizamos un análisis de brechas para el período 2016-2018 en el que el número complete de casos por región se verificó utilizando los números totales regionales proporcionados por la OMS. Para cualquier laguna de datos identificada, solicitamos los datos de la lista de líneas faltantes. Para los años 2019-2021, el número complete de casos a nivel nacional se verificó utilizando los totales anuales disponibles en los Registros Epidemiológicos Semanales de la OMS. Por lo tanto, no se pudo realizar un análisis de brechas a nivel regional para los años 2019-2021. Se generaron curvas epidémicas por zona y por Woreda utilizando R-4.1.1 y se verificaron todas las collection temporales por Woreda para evaluar la evolución del brote a lo largo del tiempo. Cualquier valor atípico y retraso inusual se evaluó con expertos en vigilancia y se aplicaron las correcciones correspondientes.

Cartografía

Todos los mapas se generaron utilizando los archivos GIS descritos anteriormente y el software program QGIS V3.28 Firenze.⁴³ y R-4.3.0⁴² (con paquete ggmap).

Consideraciones éticas

El protocolo de investigación fue presentado para aprobación ética por la Junta de Revisión Institucional del EPHI en marzo de 2021. El protocolo de investigación fue aprobado por la Junta de Revisión Institucional del EPHI el 14 de junio de 2021. La Junta de Revisión Institucional del EPHI renunció al requisito de consentimiento informado. Todos los experimentos se realizaron de acuerdo con las directrices y regulaciones pertinentes.